植物可塑性功能基因研究组

> 课题组长

研究组长：陈可，博士，副研究员，硕士生导师。 　　　通讯地址：上海市松江区辰花路3888号，中国科学院上海辰山植物科学研究中心（201602） 　　　电话：021-37792288-907 　　　邮箱：chenke@csnbgsh.cn

　　陈可，2016年获得细胞与分子生物学博士学位（法国国家科学院植物细胞分子生物学研究所IBMP，CNRS，法国斯特拉斯堡大学）。2016年至2021年在上海交通大学任助理研究员。2021年6月加入中国科学院上海辰山植物科学研究中心，任植物可塑性功能基因研究组青年课题组长。主持国家自然科学基金面上项目，上海市绿容绿化管理局专项基金，上海市“扬帆计划”人才项目，上海市“青年英才”计划，上海交大医工交叉基金等。主要从事植物可塑性功能基因研究，开展农杆菌介导的植物遗传转化，天然的转基因植物研究，生物信息学等植物多组学交叉研究。以第一/共一和通讯/共同通讯将这些成果发表在Plant Journal, Briefings 　in Bioinformatics, Frontiers in Plant Science，Frontiers of medicine，Planta等学术期刊上，并获得较高引用。

> 研究领域

　　植物可塑性功能基因解析，植物根，茎，叶发育研究，多组学数据信息深度挖掘及植物遗传转化研究

>研究内容

　　1）可塑性基因对植物生长发育调控机制 

　　2）农杆菌T-DNA插入引起的天然的转基因植物研究 

　　3）植物遗传转化及功能基因相关的小分子代谢调控

> 科研成果

学术论文

　　1. Chen K, Liu H, Blevins T, Hao J, Otten L*. Extensive natural Agrobacterium induced transformation in the genus Camellia, Planta, 2023, 258(4): 81.

　　2. Hao, J, Zou, J, Zhang J, Chen K, Wu D, Cao W, Shang G, Yang J Y, Wong-Lin K, Sun H, Zhang Z, Wang X, Chen W, Zou X*. scSTAR reveals hidden heterogeneity with a real-virtual cell pair structure across conditions in single-cell RNA sequencing data, Brief Bioinform, 2023, 24(2).

　　3. Ke Chen#, Peter Zhurbenko#, Lavrentii Danilov, Tatiana Matveeva and Léon Otten*. Conservation of an Agrobacterium cT-DNA Insert in Camellia Section Thea Reveals the Ancient Origin of Tea Plants from a Genetically Modified Ancestor, Frontiers in Plant Science, 2022, 6;13:997762.

　　4. Jiawei Zou, Fulan Deng, Miaochen Wang, Zhen Zhang, Zheqi Liu, Xiaobin Zhang, Rong Hua, Ke Chen*, Xin Zou*, Jie Hao*, scCODE:an R package for data-specific differentially expressed gene detection on single-cell RNA-sequencing data, Brief Bioinform, 2022, 23;bbac180.

　　5. Léon Otten, TDNA regions from 350 Agrobacterium genomes: maps and phylogeny, Plant Molecular Biology, 2021, 106:239–258.

　　6. Tatiana V Matveeva, Léon Otten*. Opine biosynthesis in naturally transgenic plants: Genes and products." Phytochemistry, 2021, 189: 112813.

　　7. Xin Zou#, Ke Chen#, Jiawei Zou, Peiyi Han, Jie Hao, Zeguang Han, The single-cell RNA-seq data analysis on the receptor ACE2 expression reveals the potential risk of different human organs vulnerable to Wuhan 2019-nCoV infection, Frontiers of medicine, 2020, 14(2):185-192.

　　8. Thomas Potuschak, Javier Palatnik, Carla Schommer, Nicolas Sierro, Nikolai V Ivanov, Yerim Kwon, Pascal Genschik, Jean-Michel Davière, Léon Otten*, Inhibition of Arabidopsis thaliana CIN-like TCP transcription factors by Agrobacterium T-DNA-encoded 6B proteins, Plant Journal, 2020, 101(6):1303-1317.

　　9. Tatiana V Matveeva, Léon Otten*, Widespread occurrence of natural genetic transformation of plants by Agrobacterium, Plant Mol Biol, 2019,101(4-5):415-437.

　　10. Léon Otten*, The Agrobacterium Phenotypic Plasticity (Plast) Genes, Curr Top Microbiol Immunol, 2018, 418:375-419.

　　11. Ke Chen, François Dorlhac de Borne, Nicolas Sierro, Nikolai V. Ivanov, Malek Alouia, Sandrine Koechler, Léon Otten*, Organization of the TC and TE cT-DNA regions in Nicotiana otophora and functional analysis of three diverged TE-6b genes, Plant Journal, 2018, 94(2):274-287.

发明专利

　　1. 一种促进植物产生多花苞的方法及其应用。2024117612719。

　　2. 一种以T-DNA 作为分子标记鉴定山茶属茶组植物的方法。2024117612738。

　　3. 一种促进番茄不定根的基因及其瞬间过表达的方法和应用。2023114591097。

　　4. 一种植物生长基因与发育阶段和细胞类型关系判定方法。202211166112.5。

　　5. 一种植物生长发育动态监控的方法。202211200145.7。

　　6. 抑制新型冠状病毒SARS-CoV-2感染宿主细胞的多肽及其应用。CN202010450107.1。

　　7. 一种基于核磁共振谱洛伦兹曲线数学性质的小波去噪方法。CN201810953635.1。

　　8. 一种独立计算具有90度相位差的洛伦兹曲线参数的方法。CN201810906851.0。

> 研究组成员

>科学顾问

Léon Otten 　法国国家科学院，斯特拉斯堡大学，植物细胞与分子生物研究所，教授

> 研究助理

	王卫青 　硕士，助理研究员 　电 话：021-37792288-952 　邮 箱：piaoyao00520@163.com		刘海 　硕士，助理研究员 　电 话：021-37792288-952 　邮 箱：549245580@qq.com
	李佳妮 　硕士，助理研究员 　电 话：021-37792288-952 　邮 箱：lijiani2016@163.com

> 学生

	雷欢 在读硕士		贺亚曦 在读硕士
	胡增辉 在读硕士		曹晟源 在读硕士
	莫运昕 毕业硕士