植物染色质调控与生殖发育组

> 课题组长

　　刘坤朋，2010年毕业于华中农业大学生命科学技术学院，获学士学位；2010年至2017年就读于复旦大学生命科学学院，获博士学位，导师为董爱武教授和沈文辉教授；2018年2月至2021年6月在清华大学生命科学学院做博士后，合作导师为孙前文副教授。2021年12月至2024年2月在上海交通大学任助理研究员。2024年3月入职上海辰山植物园，任副研究员，植物染色质调控与生殖发育研究组课题组长。目前研究方向为植物生殖过程相关重要性状形成的分子机制及资源植物开发利用。已在Plant Cell、New Phytologist等国内外知名期刊发表研究论文12篇，主持国家自然科学基金项目一项，其他项目多项。

　　>研究领域

　　本研究组以夏枯草等植物的生殖过程为研究对象，旨在解析生殖过程中重要性状形成的分子机制，保护并开发利用资源植物：

　　（1）植物生殖过程中发育和代谢调控及其相互作用；

　　（2）植物生殖与生物和非生物环境之间相互作用；

　　（3）资源植物生殖过程相关药用、食用及观赏价值开发利用。

>研究项目

　　1. 辰山专项：夏枯草果穗入药的次生代谢基础及其调控机制研究，2025.01-2028.06。主持。项目号：G252416。

　　2. 国家自然科学基金面上项目：R-loop介导的tRNA基因表达和蛋白质翻译的分子机制研究，2020.01-2022.12。主持。项目号：31971333。45万。

　　3. 中国博士后科学基金项目：拟南芥tRNA基因区R-loop的形成及功能研究，2018.02-2021.06。主持。项目号：2018M641325。5万。

　　4. 清华北大生命联合中心优秀博士后基金（清华方面），2018.10-2021.06。

>代表论文（^#第一作者，*通讯作者）

　　1. Kunpeng Liu; Chunmei Yin; Wenjing Ye; Min Ma; Yuanda Wang; Pan Wang; and Yuda Fang*. ASF1-HIRA-H3.3 module controls Arabidopsis fertility through regulating male gamete development, Plant and Cell Physiology, 2024.

　　2. Yu Zhang#, Min Ma#, Meng Liu#, Aiqing Sun#, Xiaoyun Zheng, Kunpeng Liu, Chunmei Yin, Chuanshun Li, Cizhong Jiang*, Xiaoyu Tu*, Yuda Fang*. Histone H2A monoubiquitination marks are targeted to specific sites by cohesin subunits in Arabidopsis, Nature communications, 2023.

　　3. Chunmei Yin#, Aiqing Sun#, Ying Zhou, Kunpeng Liu, Pan Wang, Wenjing Ye, Yuda Fang*. The dynamics of Arabidopsis H2A.Z on SMALL AUXIN UP RNAs regulates abscisic acid-auxin signaling crosstalk, Journal of experimental botany, 2023.

　　4. Liang Chen#; Yucong Wang#; Jiamei Lin; Zhenxing Song; Qinwei Wang; Wenfeng Zhao; Yan Wang; Xiaoyu Xiu; Yuqi Deng; Xiuzhi Li; Qiqi Li; Xiaolin Wang; Jingxin Li, Xu Liu, Kunpeng Liu, et al., Chuan Huang*; Ge Shan*. Exportin 4 depletion leads to nuclear accumulation of a subset of circular RNAs, Nature Communications, 2022.

　　5. Zhenfei Sun#, Yunlong Wang#, Zhaojian Song#, Hui Zhang, Yuanda Wang, Kunpeng Liu, Min Ma, Pan Wang, Yaping Fang, Detian Cai*, Guoliang Li*, Yuda Fang*. DNA methylation in transposable elements buffers the connection between three-dimensional chromatin organization and gene transcription upon rice genome duplication, J Adv Res, 2022.

　　6. Kunpeng Liu and Qianwen Sun*. Intragenic tRNA-promoted R-loops orchestrate transcription interference for plant oxidative stress responses, Plant Cell, 2021.

　　7. Luxi Chen, Wei Xu, Kunpeng Liu, Zheng Jiang, Yang Han, Hongbin Jin, Lin Zhang, Weimin Shen, Shunji Jia, Qianwen Sun and Anming Meng*; 5’ half of specific tRNAs feeds back to promote corresponding tRNA gene transcription in vertebrate embryos, Science Advances, 2021.

　　8. Yang Liu#; Qian Liu#; Handong Su#; Kunpeng Liu; Xue Xiao; Wei Li; Qianwen Sun; James A. Birchler and Fangpu Han*. Genome-wide mapping reveals R-loops associated with centromeric repeats in maize, Genome Research, 2021.

　　9. Wei Xu#; Kuan Li#; Shuai Li#; Quancan Hou#; Yushun Zhang; Kunpeng Liu and Qianwen Sun*. The R-loop Atlas of Arabidopsis Development and Responses to Environmental Stimuli, Plant Cell, 2020.

　　10. Yuhao Liu; Kunpeng Liu; Liufan Yin; Yu Yu; Ji Qi; Wen-Hui Shen; Jun Zhu; Yijing Zhang* and Aiwu Dong*. H3K4me2 functions as a repressive epigenetic mark in plants, Epigenetics & Chromatin, 2019.

　　11. Gang Wei#; Kunpeng Liu#; Ting Shen#; Jinlei Shi; Bing Liu; Miao Han; Maolin Peng; Jun Zhu*; Aiwu Dong* and Ting Ni*. Position-specific intron retention is mediated by the histone methyltransferase SDG725, BMC Biology, 2018.

　　12. Kunpeng Liu; Yu Yu; Aiwu Dong* and Wen-Hui Shen*. SET DOMAIN GROUP701 encodes a H3K4-methytransferase and regulates multiple key processes of rice plant development, New Phytologist, 2017.

> 研究组成员

研究助理

研究生

刘佳氤 硕士研究生 　邮箱：13273051731@163.com

刘竞天 硕士研究生 　邮箱：1601531711@qq.com