机构介绍

辰山植物园陈可与俄罗斯圣彼德堡大学Tatiana Matveeva团队组合作发表根瘤菌介导的基因横向转移评论文章

根瘤菌因其与植物的相互作用备受关注，它们既可以寄生，也可以共生。近年研究表明，植物根瘤菌互作非常频繁，自然界中，农杆菌可以将其转移DNA序列插入植物基因组，并获得稳定遗传。植物基因组可以携带农杆菌来源的T-DNA长达百万年之久。随着分子生物学的发展，测序技术和生物信息学技术相结合，基因横向转移在植物微生物互作中研究越来越广泛。

2023年2月1日，国际植物学期刊《Frontiers in Plant Science》（IF=6.627，2区）在线发表了俄罗斯圣彼德堡大学Tatiana Matveeva团队与辰山植物园陈可组合作的“Rhizobiaceae mediated HGT: Facts, mechanisms, and evolutionary consequences”的评论文章。这篇文章系统讨论了根瘤菌介导的基因横向转移现象等。具体包括Provorov团队对植物根瘤菌固氮共生进化讨论，提出了植物微生物的微观进化和宏观进化之间的差异；Cauwenberghe团队对根瘤菌和病毒的研究，表明病毒和根瘤菌协同进化；以及陈可团队对天然转基因植物山茶的研究等。

文章讨论了共生和寄生关系中的植物，根瘤菌和病毒之间的密切联系，强调了它们在生理和生化协同作用的同时，也伴随有进化和遗传整合。其中，农杆菌介导的基因横向转移及其提示的基因工程植物制备技术的发展或将成为未来发展的重要方向。

俄罗斯圣彼得堡大学Tatiana Matveeva教授为本文第一作者和通讯作者，圣彼得堡大学Evgeny Andronov博士和辰山植物园茄科进化与代谢课题组长陈可为本文共同作者。项目得到俄罗斯科学基金会和上海市绿化与市容管理局辰山专项等项目的资助。

原文链接：

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2023.1149426/full

附文2：2022年12月6日，国际植物学期刊《Frontiers in Plant Science》（IF=6.627，中科院2区）在线发表了上海辰山植物园上海市资源植物功能基因组学重点实验室茄科进化与代谢组题为“Conservation of an Agrobacterium cT-DNA insert in Camellia section Thea reveals the ancient origin of tea plants from a genetically modified ancestor”的研究论文。文章通过对山茶属茶树舒茶早（C. sinensis var. sinensis cv. Shuchazao）的基因组比对分析，发现了一个来自于农杆菌T-DNA的片段，长5.5 kb，并将其命名为CaTA。研究揭示了CaTA上含有三个不完整T-DNA基因和约1kb的反向重复序列。通过对茶分支Thea的142份基因组和转录组序列分析，发现所有茶分支Thea品种均含有CaTA序列，揭示了茶这一分支来自于同一次天然转染事件。

全文链接：

https://doi.org/10.3389/fpls.2022.1030584

附文3： 2022年5月23日，复旦大学郝洁/邹欣团队与辰山植物园陈可组合作在Briefings in Bioinformatics（计算生物学一区，IF=13.99）上发表了题为：”scCODE: an R package for data-specific differentially expressed gene detection on single-cell RNA-sequencing data”的研究论文。该研究开发了针对单细胞数据分析个性化最优选取单细胞转录组学数据差异基因筛选系统平台：scCODE，系统评估40余种差异基因分析策略，并推导在无先验信息的情况下，使用两个新的参数评估选取最优数据处理结果。目前已收到多个用户反馈良好。

scCODE单细胞系统分析平台发布于

GitHub（https://github.com/XZouProjects/scCODE）

全文链接：

https://doi.org/10.1111/pbi.13947

作者团队介绍

上海辰山植物园陈可课题组主要致力于农杆菌介导的基因横向转移，植物功能基因挖掘，天然转基因植物形成机制及相关功能基因研究，单细胞生物信息学研究等。已在植物生长发育，天然转基因植物形成途径及农杆菌T-DNA研究方面取得一系列重要进展，多项研究成果发表在Plant Journal, Briefings in Bioinformatics, Frontiers in Plant Science, Frontiers of medicine和Planta等国际顶级学术期刊上。

诚邀有志于植物微生物互作研究的各类研究生，毕业生及出站博士后（或入站）到辰山学习、访问、联合培养或工作（联系人陈老师，kchen@cemps.ac.cn，长期有效）。

文：陈可